1381年，朱元璋登基的第13年才开始修建陵寝，没想到陵寝刚刚开始修建，1382年马皇后就病了，9月就葬了进去，因为马皇后谥“孝慈”，故而定为“孝陵”，1398年朱元璋驾崩，命人给他和马皇后合葬，而这时候孝陵还没有能建完，直到1413年“大明孝陵神功圣德碑”落地，明孝陵才成为明孝陵。
虽然这陵寝只葬了两个人，但由于是两个明朝最为尊荣的人，所以规模十分宏大，纵深2.62公里，周长2.25公里，宫殿形制参考唐宋两代的帝王陵寝，巍峨壮丽，围墙甚至将30多所寺院囊括其中，中间还分布着30多处不同风格和用处的是石雕艺术品，“依山为陵”“前圆后方”的基本格局，在整个中国帝陵发展史上都有着特殊的地位。
历朝历代的统治者都保护着这一片安息之地，清朝1644年多尔衮还特意派人前往祭祀，1645年豫亲王命人进行修整和守陵；1684年南巡的康熙帝亲自前往祭拜……民国1912年南京临时政府官员也前往拜谒，拍下了一张十分珍贵的历史照片，1961年明孝陵成为首批全国重点文物保护单位。
不过明孝陵还是经历了朝代更替，时代发展的磨难，1851年到1864年的太平天国运动，让明孝陵整个地表建筑毁于一旦，之后时代风风雨雨没有人抽得出空管理，破碎的地方没有来得及修缮；随后就是轰轰烈烈、肆无忌惮的盗墓行为，当时清朝的皇陵没有一个逃过厄运的，即便那时候溥仪还在，却连慈禧的尸骨都没能落得体面。
有意思的是，明孝陵除了主建筑看起来非常沧桑之外，竟然好像从未被盗掘过？这一点成了不少考古学家心中最大的困惑，于是1997年他们运用磁法和GPS定位等高科技手段，对明孝陵进行了为期6年的考古勘探，算是以没有开启的方式将明孝陵里里外外“看”了一遍，并得出了一些结论。
他们发现原来明孝陵竟然是明朝面积最大的帝王陵寝，而且确实里面的各种各样的宝贝都没有任何缺失，朱元璋和马皇后也好好地躺在里面，见证了这片土地上的风流变幻，也就是说不管到底有没有盗墓贼来掘过他的陵寝，明孝陵都确确实实完好无缺，那么这个明孝陵是如何做到有如此“神功”的呢？
众所周知中轴线之于陵寝是一个很重要的存在，往往找到中轴线，就能找到皇帝的棺椁所在，明孝陵却十分巧妙地将重要的部位避开了中轴线，所以墓道入口的是弯曲的，这是因为当初施工的时候，中轴线处的岩石是砾岩，官员认为这是建筑材料很好挖开，所以激昂墓道入口避开了这里，后来定陵也是学的这一方法。
这也就意味着盗墓贼并不能根据自己的常识判断出墓道的入口，往往需要花费大量的时间进行勘测和挖掘，盗墓贼或许可以做到几年在一个地方打转，就为了找到一个巨大陵寝的隐蔽入口，但花费的成本实在是太高了，在当时基本没有几个人能够做到，所以如果发现自己怎么着也进不去的话，自然偃旗息鼓。
就算他们真的找到了，工匠还有后招等着他们——流沙防盗法。其实就是在墓穴的上下左右所有地方都无死角地铺上流沙，一般厚度是在2-3米左右，仅仅只是泥沙还不够，里面通常都会混入很多尖利的石块，或者是一些碎陶瓷片，最后上一层夯土层，当盗墓贼挖到这里的时候，流沙会瞬间填平盗洞。
后来当然很多人会选择用炸药，在某个地方先炸一个洞，等沙子流完，不过他们可不敢对明孝陵用，这太明显了，而且明孝陵受到各方保护，本来靠近就很难，何况普通盗墓贼不管怎样也搞不来炸药，最重要的是这太考虑技术，就算炸也不一定能叨叨自己想要的效果，同样也采用了流沙法的郭庄楚墓，也是从未被盗开过。
最重要的是，明孝陵建造时风水师认为该地是独一无二的龙脉，所以叫独龙阜，不过独龙阜看上去并不出奇，就是一座石头山，而工匠秉持着天人合一的想法，直接横穴式将这座石头山内部挖空，除墓道外，没有任何一条路通往地宫。于是明孝陵可谓历史机缘+防盗措施+地理位置的完美配合，能不万无一失？
